苏州博物馆新馆的建筑面积约为19,000㎡，建筑按东、西、中3条轴线布置；中间部分是入口庭院、大厅和主庭院；西侧为主展区和视听室，用以展览苏州本地出土的文物；东侧是现代艺术馆、教育设施、商业服务，以及后勤管理部分等。由于位于保护区内，对建筑的高度需要有严格控制，所以博物馆新馆主体为一层，檐口高度都控制在6m以下。为了满足展览面积的需要，一部分展厅被设在地下一层。新馆建筑采用院落式布局，其空间结构与比邻的忠王府、拙政园浑然一体。东侧部分由于直接和忠王府并列，其空间形态更接近传统院落形式；相比之下，西侧和中部两组建筑就处理得灵活了很多，除建筑局部为两层外，建筑形式呈现出中西合璧的影子。

色彩和建筑风格是苏博与周围环境协调的另一重要手段：吴门建筑一贯的粉墙黛瓦在新馆中得到了进一步的传承和发扬。同样是黑白组合，但已不拘泥于传统的材料和形式。

新馆建筑保持了江南建筑一贯的内敛气质，外墙高大封闭，没有多余的装饰，墙面以白色为主，边缘用黑色石材勾边，简洁大方。从街道上观察，建筑在不给行人带来压迫感的同时，又巧妙地引起了人们的好奇心，使人愿一探其究竟。

新馆大门和入口大厅是设计的重点，在这里贝先生没有着意模仿古典园林的建筑符号，而是对传统的建筑形式进行了概括和抽象。大门采用了玻璃重檐双坡式金属梁架结构，既含有传统建筑文化中大门的造型元素，又用现代材料赋予其崭新的风格。贝聿铭在论述自己的设计时这样说：“大门的处理很重要，大门要有气派，但又得有邀人入内的感觉。我记忆中的许多所谓深宅大院，包括我儿时玩耍的狮子林，大多是高墙相围，朱门紧闭。而博物馆是公共建筑，我想在这里用一些新的设计手法，让博物馆更开放一点，更吸引人。同时，游客一进大门，就应感受到堂堂苏州博物馆的气派。”

入口大厅采用了两层通高的形式，最为突出的特点是其与众不同的顶部处理。建筑师没有简单地使用传统的双坡顶形式，而是对传统的屋面形式进行了解构，把它分解成最本源的几何形：方和三角；然后再根据现代博物馆的使用要求对这些原形进行重组。这样的处理使入口大厅充满了现代气息，同时又给人一种似曾相识的感觉。在这些原形的使用中，三角形可谓贝聿铭先生的最爱，他以前的众多重要作品中都有对三角形的精辟运用。但这次的使用似乎最具有人文含义，因为人们能从中品味出江南建筑坡屋顶一脉相传的神韵。这种传承的另一个体现是屋顶材料的处理：贝聿铭在苏州博物馆中没有使用传统的小青瓦，而选用了产自山西与内蒙交界地带的“中国黑”花岗石材。石材被加工成菱形石片，从远处看去既保留了青瓦的尺度和层次，又避免了传统青瓦易碎且手工感过强的问题。

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